Międzynarodowe porty lotnicze są na Karpa-thos, Kefalinii, Kithirze, Korfu, Krecie, Kos, Lesbos, Mikonos, Rodos, Samos, Skiathos, Thirze i Zakinthos. Miedzy kwietniem a listopadem lądują tam czartery z większości krajów europejskich. Jednak wszystkie regularnie kursujące samoloty rejsowe lądują w Atenach albo w Salonikach na lądzie stałym, stamtąd na wyspy można się dostać liniami krajowymi, które obsługują także rozległą sieć połączeń, obejmującą m. in. Chios, Ikarię, Kastellorizo, Kithirę, Leros, Limnos, Naksos, Paros i Skiros. Samoloty na liniach krajowych mają z reguły nadkomplet rezerwacji. Osoby planujące podróże po Grecji powinny z wyprzedzeniem dokonać rezerwacji jeszcze przed przyjazdem i zawsze je potwierdzać. Infrastruktura portów lotniczych jest zaledwie podstawowa. Na większości wysp pasażerowie, którzy nie są członkami grup wycieczkowych, aby dostać się z lotniska do miasta muszą skorzystać z taksówek. Na większych wyspach na lotniskach są biura firm wynajmujących samochody.